Depolarda muhafaza edilmek için hasat edilen soğan ve patates canlı dokulardan oluşmaktadır. Canlı olan bu ürünler sürekli solunum halindedir. Muhafaza şartlarına uymayan saklama koşulları ve bilinçsiz uygulanan havalandırma sistemi ürünlerde fermentler faliyetlerin başlamasına neden olur.
Fermentler faliyetler sonucunda patates ve soğanda filizlenme meydana gelir. Filizlenme sonucu soğuk depolarda bulunan patates ve soğanlarda bakteri oluşumu, çürüme ve kokuya yol açar ürün kaybına neden olur.
Patates ve soğan ürün çeşitlerine (tohumluk, kızartmalık, Vb.) göre depolanma şekillleride farklılıklar gösterir yığma, çuval ve kasalı tiplerde depolanırlar. kurulacak soğan ve patates deposu bu kriterlere dikkat edilerek projelendirilir.
Depoların havalandırma sistemi ve nemlendirilmesi en önemli konulardan biridir. Damperlerin konulacağı yerler havalandırma şekli ve süresi bu konuda uzman firmalar tarafından projelendirmeli ve uygulanmalıdır. Havalandırma sistemi PLC kontrollü tam otomatik çalışmalıdır.